Khi Nam Lương và Bắc Lương đều trở thành chư hầu của Hậu Tần, họ bắt đầu giao chiến với nhau khi kẻ thù chung là Hậu Lương đã không còn tồn tại. Năm 406, Thốc Phát Nục Đàn tiến đánh Bắc Lương song sau khi Thư Cừ Mông Tốn từ chối giao chiến, ông đã triều cống cho Diêu Hưng, khiến cho Diêu Hưng cảm kích và tin vào lòng trung thành của Thốc Phát Nục Đàn, và hoàng đế Hậu Tần đã ủy thác cho Thốc Phát Nục Đàn làm thứ sử Lương Châu (涼州, lúc này chỉ còn Cô Tang và các vùng xung quanh), và ban Cô Tang cho ông. Cũng trong năm đó, Thốc Phát Nục Đàn đã dời đô từ Lạc Đô về Cô Tang. ông cũng tiến đến liên minh với vua Lý Cảo của Tây Lương nhằm cùng chống lại Bắc Lương.

Mặc dù Thốc Phát Nục Đàn trên danh nghĩa là một chư hầu của Hậu Tần, ông ta không thực sự muốn phụng sự lâu dài cho Diêu Hưng, vào năm 407 ông đã đề xuất liên minh với Khất Phục Sí Bàn (đang tạm thời nắm giữ quân của phụ thân, do Khất Phục Càn Quy đang bị giữ ở kinh thành Trường An của Hậu Tần), song Khất Phục Sí Bàn đã cho xử tử sứ thần và đem đầu của bọn họ đến chỗ Diêu Hưng. Vào thời điểm này, Nam Lương đang ở đỉnh cao của nó.

Vào mùa đông năm 407, tướng nổi loạn Lưu Bột Bột của Hậu Tần, người hồi đầu năm đã tuyệt giao với Hậu Tần và lập nước Hạ, đã yêu cầu được kết hôn với con gái của Thốc Phát Nục Đàn. Thốc Phát Nục Đàn từ chối, và trong cơn giận Lưu Bột Bột đã phát động một cuộc tấn công trừng phạt Nam Lương nhưng sau đó đã rút lui. Thốc Phát Nục Đàn đã đuổi theo và tin rằng mình vượt trội so với Lưu Bột Bột, nên đã bất cẩn trong hành động. Lưu Bột Bột đã lừa ông đến một hẻm núi và sau đó chặn đường ra bằng băng và xe ngựa rồi phục kích ông; có khoảng từ 60% đến 70% các quan lại và tướng lĩnh danh tiếng của Nam Lương đã chết trong trận chiến. Trong lo sợ, Thốc Phát Nục Đàn đã ra lệnh cho toàn bộ người dân trong vòng bán kính 150 km của Cô Tang phải vào trong thành, điều này đã dẫn đến sự hoảng loạn khủng khiếp và một cuộc nổi loạn do tộc trưởng Hung Nô tên là Thành Thất Nhi (成七兒) đã diễn ra song đã bị đánh bại.

Trong bối cảnh Thốc Phát Nục Đàn thất trận, Diêu Hưng đã âm mưu tiêu diệt ông, bất chấp phản đối của quân sư Vi Tông (韋宗), một viên quan có hiểu biết về tài năng của Thốc Phát Nục Đàn. Năm 408, Diêu Hưng ủy thác cho con trai là Diêu Bật (姚弼) dẫn đầu một đội quân lớn cùng với các tướng Liễm Thành (斂成) và Khất Phục Càn Quy tiến một cuộc tấn công bất ngờ vào Nam Lương, ban đầu lừa Thốc Phát Nục Đàn rằng đây là một phần của chiến thuật gọng kìm nhằm chống lại Hạ. Chỉ đến khi quân của Hậu Tần đến vùng lân cận Cô Tang thì Thốc Phát Nục Đàn mới nhận ra mục đích thật sự của chiến dịch, và ông đã cho thủ thành chống lại Diêu Bật. Có một cuộc nổi loạn đã diễn ra ngay bên trong thành Cô Tang do Vương Chung (王鍾) lãnh đạo, đe dọa đến sự phòng thủ của thành, Thốc Phát Nục Đàn đã cho chôn sống 5000 người, và ông sau đó đã đánh bại được Diêu Bật. Khi Diêu Hưng cử Diêu Hiển (姚顯) đến trợ giúp cho Diêu Bật, Thốc Phát Nục Đàn cũng đánh bại đội quân này, và Diêu Hiển trong sợ hãi đã đổ lỗi cho Liễm Thành về toàn bộ chiến dịch và tạ lỗi với Thốc Phát Nục Đàn, và sau đó rút lui cùng với Diêu Bật. Thốc Phát Nục Đàn cũng cứ một sứ thần đến Trường An để thỉnh cầu được tha thứ.

Vào mùa đông năm 408, trong bối cảnh Hậu Tần bị ông và Lưu Bột Bột đánh bại, Thốc Phát Nục Đàn lại một lần nữa tuyên bố độc lập, lần này ông xưng là Lương vương. Ông lập vợ mình làm Vương hậu và lập con trai Thốc Phát Hổ Đài (禿髮虎台) làm thái tử.